Я являюсь предпринимателем,а моя супруга работником следственного комитета.Собственник нашего автомобиля жена.У меня генеральная доверенность с правом продажи.Могу ли я сдавать автомобиль в аренду на фирму и получать от этого денежную компенсацию(доход)? Не будет ли у супруги проблем связанных со статьей 16-"ограничения связанные со службой в следственном комитете",так как собственником авто является по прежнему супруга не смотря на то, что у меня генеральная доверенность?

Вы не можете сдать автомобиль в аренду. Данным правом обладает только собственник. В отношении доверенности:

ГРАЖДАНСКИЙ КОДЕКС РЕСПУБЛИКИ БЕЛАРУСЬ
7 декабря 1998 г. N 218-З
Статья 183. Представительство
1. Сделка, совершенная одним лицом (представителем) от имени другого лица (представляемого) в силу полномочия, основанного на доверенности, законодательстве либо акте уполномоченного на то государственного органа или органа местного управления и самоуправления, непосредственно создает, изменяет и прекращает гражданские права и обязанности представляемого.
Статья 186. Доверенность
1. Доверенностью признается письменное уполномочие, выдаваемое одним лицом другому для представительства перед третьими лицами, удостоверенное в предусмотренном настоящей статьей порядке. Письменное уполномочие на совершение сделки представителем может быть представлено представляемым непосредственно соответствующему третьему лицу.

То есть, если даже Вы заключите договор аренды, то всё равно будете действовать от имени жены. 

Вместе с тем, сдача в аренду автотранспорта, квартир и другого личного имущества гражданина никогда не являлось "оплачиваемой работой (деятельностью)".

Проблем тут не вижу, только если это не притворная сделка, заключенная для того, чтоб прикрыть какой либо другой, например, "коррупционный момент":

ГРАЖДАНСКИЙ КОДЕКС РЕСПУБЛИКИ БЕЛАРУСЬ
7 декабря 1998 г. N 218-З
Статья 171. Недействительность мнимой и притворной сделок
2. Притворная сделка, то есть сделка, которая совершена с целью прикрыть другую сделку, ничтожна. К сделке, которую стороны действительно имели в виду, с учетом существа сделки применяются относящиеся к ней правила.

Вместе с тем, Ваша жена обязана данные суммы (полученые по аренде) включить в годовую декларацию и заплатить налог по итогам года (12 процентов). Вот если не включит - будет беда.

НАЛОГОВЫЙ КОДЕКС РЕСПУБЛИКИ БЕЛАРУСЬ <*>
(ОСОБЕННАЯ ЧАСТЬ)
29 декабря 2009 г. N 71-З
Статья 154. Доходы, полученные от источников в Республике Беларусь
1. К доходам, полученным от источников в Республике Беларусь, относятся:
1.4. доходы, полученные от сдачи в аренду (финансовую аренду (лизинг)) или от иного использования имущества, находящегося на территории Республики Беларусь, включая стоимость улучшения имущества, находившегося в пользовании других лиц и возвращенного его собственнику (за исключением случаев, когда улучшение явилось следствием капитального ремонта, проведение которого было обусловлено чрезвычайными обстоятельствами (пожар, авария, стихийное бедствие, дорожно-транспортное происшествие и иные аналогичные обстоятельства, в том числе форс-мажорные)), - при наличии документов, подтверждающих факт свершения указанных событий, сопоставимости их последствий и произведенных улучшений;
Статья 173. Ставки подоходного налога с физических лиц
1. Ставка подоходного налога с физических лиц устанавливается в размере 12 процентов, если иное не определено настоящей статьей.
2. Ставки подоходного налога с физических лиц в отношении доходов, полученных плательщиками, не являющимися индивидуальными предпринимателями, от сдачи физическим лицам, не являющимся индивидуальными предпринимателями, в аренду (субаренду), наем (поднаем) жилых и (или) нежилых помещений, машино-мест, находящихся на территории Республики Беларусь (кроме случаев сдачи внаем (поднаем) жилых помещений по заключенным в календарном году двум и более договорам, продолжительность каждого из которых не превышает пятнадцати дней), в размере, не превышающем 26500000 белорусских рублей в налоговом периоде (далее в настоящей главе - доходы от сдачи физическими лицами жилых и (или) нежилых помещений, машино-мест), устанавливаются в фиксированных суммах согласно приложению 26 к настоящему Кодексу.

С уважением Sfif