Мне "отсюда" трудно оценить сложившуюся ситуацию. Если читать дословно закон, то:

ЗАКОН РЕСПУБЛИКИ БЕЛАРУСЬ
1 августа 2002 г. N 136-З

О ГРАЖДАНСТВЕ РЕСПУБЛИКИ БЕЛАРУСЬ
Статья 16. Основания для отказа в рассмотрении заявления о приобретении гражданства Республики Беларусь
Заявление о приобретении гражданства Республики Беларусь не рассматривается, если заявившее об этом лицо:
осуждено за совершение преступления против мира и безопасности человечества, военного преступления, преступления против государства;
имеет судимость за совершение преступления на территории Республики Беларусь или за ее пределами, признаваемого таковым законодательством Республики Беларусь;
является подозреваемым или обвиняемым и в отношении его осуществляется уголовное преследование в Республике Беларусь, а также в иностранном государстве за преступления, признаваемые таковыми законодательством Республики Беларусь, - до вынесения приговора или иного итогового решения по делу;
осуждено и отбывает наказание в виде лишения свободы, - до истечения срока наказания;
депортировалось или высылалось из Республики Беларусь, - до окончания срока запрета въезда в Республику Беларусь;
многократно (три и более раза) привлекалось к административной ответственности на территории Республики Беларусь, - до истечения срока, по окончании которого оно считается не подвергавшимся административному взысканию;
представило ложные сведения или подложные документы;
состоит на воинской службе, службе в полиции, органах безопасности, юстиции или иных государственных органах иностранного государства.
При наличии оснований, предусмотренных частью первой настоящей статьи, заявление о приобретении гражданства Республики Беларусь возвращается со всеми представленными материалами без рассмотрения.

Сказать что отсутствие отчества = представило ложные сведения или подложные документы, это будет ошибочно на мой взгляд. 

С другой стороны, если не желаете идти на конфликт, то:

УТВЕРЖДЕНО
Указ Президента
Республики Беларусь
03.06.2008 N 294

ПОЛОЖЕНИЕ
О ДОКУМЕНТАХ, УДОСТОВЕРЯЮЩИХ ЛИЧНОСТЬ
31. Вид на жительство выдается иностранным гражданам и лицам без гражданства, получившим разрешение на постоянное проживание в Республике Беларусь.
32. Вид на жительство содержит:
фамилию, собственное имя, отчество (при наличии) владельца;
34. Обмен вида на жительство производится в случае:
установления неточностей в данных или отметках, указанных в пунктах 32 и 33 настоящего Положения;

Поэтому в принципе ничего страшного нет в обмене вида на жительство и последующей подаче документов на гражданство.

Однако, если желаете настоять на своих правах - то теоретически решение об отказе в приеме документов можно обжаловать.

С уважением Sfif